לאחר מלאכת השרטוט הקלף מוכן לכתיבה. הסופר מניח לפניו על שולחן הכתיבה יריעה בודדת מתוך כל היריעות האמורות להרכיב את ספר התורה, וכותב על כל יריעה חלק מתוך התורה עד שמסיים את כל פרשיות התורה. הפונט שמשמש את סופר הסת"ם לכתיבה הוא כתב סת"ם. פונט זה זהה גם לכתיבת תפילין, מזוזות ומגילות. לפונט זה קיימים מספר גרסאות עיקריות, הגרסה האשכנזית (כתב בית יוסף) והגרסה הספרדית (כתב וועליש). המילים בספר התורה אינן מנוקדות ומפוסקות. מלאכת הכתיבה בפועל נעשית באמצעות קולמוס המיוצר מקנה של נוצת תרנגול. ספרי תורה חייבים להיכתב באמצעות דיו שחור המורכב מחומרים טבעיים כשרף של אילן, גומא, פיח של להבה ועוד. אם דהו מילים או אותיות או שהתפורר הדיו ספר התורה נפסל.

לאחר סיום הכתיבה תופרים את היריעות הבודדות אחת לשנייה לפי סדר הפרשיות, עד שנוצרת יריעה אחת ארוכה המכילה את כל התורה. התפירה צריכה להיעשות באמצעות גיד של בהמה והתופר צריך לכוון שתהא העשייה לשם מצוות ספר תורה. נשים מותרות לעסוק בתפירת היריעות. את היריעה הראשונה שבה מתחיל ספר בראשית וכן היריעה האחרונה תופרים ל'עצי החיים' – מוטות עץ דקיקות שבעזרתם מגלגלים את ספר התורה.